Secondo me è normale. Oltre agli esempi gia fatti, se la memoria non mi inganna 初 si usa regolarmente per intendere il primo di una serie di qualcosa. Ad esempio, per dire “prima edizione” (di un libro ecc) si usa sho, poi per le seguenti si passa ai numeri cardinali, proprio come per gli Eva.
Per quanto riguarda l’Eva-01, non mi sembra di ricordare che si parli mai dell’intenzione di farne un modello unico/definitivo, poi cambiata in seguito. Ma in ogni caso, la denominazione suggerirebbe proprio il contrario (ossia, appunto, che sia il primo dei suoi simili, ovviamente intendendo lo 00 come prototipo pre-serie).
Comunque, il punto è che “unità prima” non veicola niente in italiano, se non un apparentemente ingiustificato cambio di nomenclatura. Per rendere il senso giapponese completo, al limite bisognava chiamarla unità capostipite o unità archetipo. 😅