Non lo decide nessuno. In effetti non lo dice nessuno. La trama di Evangelion, come ben si sa, è tutta rabberciata e rivista lungo il percorso.
Quello che sappiamo è che gli Evangelion erano, nelle intenzioni originali "dichiarate", dei cloni delle forme di vita aliene "creatrici" (dio/Adam) fatte per permettere la sopravvivenza delle anime umane in ambiente "extra-mondo". Questo è quello a cui lavorava Yui, quello che Ritsuko ci racconta (più o meno) alla fine dell'ep23, e il motivo della "divergenza di vedute" tra Gendo+Fuyutsuki e la Seele all'inizio di Air, ma è anche il contenuto del dialogo tra Fuyutsuki e Yui con Shinji bimbo dinanzi al lago Ashino che è "spezzato" tra una scena aggiunta dell'ep21 e il finale di Magokoro wo Kimi ni.
In seguito, o anche da subito sottobanco, si pensò di "sviluppare e usare" gli Evangelion come "arma da battaglia decisiva" (kessen heiki) per sconfiggere tutti gli Apostoli che si sarebbero "risvegliati" a seguito del "contatto" dell'umanità con Adam, cfr. Mars & 2001ASO. Questo era il "progetto di prima programmazione" dalla serie degli Eva (DaiIchi Seibi Keikaku). Il "progetto di seconda programmazione" (DaiNi Seibi Keikaku) era invece quello per innescare un "Third Impact pilotato", aka "Progetto di Completamento dell'Umanità", che nelle idee della Seele sarebbe stata un'estinzione di specie tramite "ritorno all'utero" dell'umanità.
Che tutti i piloti degli Eva debbano essere quattordicenni è esse stesso un dato mai spiegato nella serie, né nei suoi materiali ufficiali. Idem per la necessità che tutti gli Eva incorporino le anime delle madri dei propri piloti, anche se questo dato è in qualche modo fortemente suggerito da 1) gli avvenimenti della serie stessa, e 2) una dichiarazione di Sadamoto, che nell'intervista contenuta in Der Mond (se ben ricordo) attribuiva a sé questa idea. Tuttavia, quello che sappiamo per certo è solo che dentro l'UnitàPrima c'è (tutta) l'anima di Yui (questo lo sanno per certo Gendou, Fuyutsuki e Ritsuko almeno – nel manga solo Fuyutsuki sapeva fosse per volontà della donna, nell'anime lo sa anche Gendou – ma gli autori sono un po' confusi in merito), e che dentro l'UnitàDue c'è un pezzo (l'aspetto materno) dell'anima di Kyouko Zeppelin Souryuu. Tuttavia vediamo che si tenta la sincronizzazione di Shinji con l'UnitàZero (che poi fallisce), e sappiamo che di base Rei riesce a sincronizzarsi con l'UnitàPrima. Cosa ci fosse nel nucleo dell'UnitàTre non viene mai dichiarato, che io sappia.
Ma ancora, cercare coerenza nei materiali di Eva è impossibile. Quando fecero Air – sia per Rebirth che per EndOfEva, ancora dicevano che Lilith non era un Apostolo, e che anzi anche Adam veniva da Lililth. All'inizio del 1998, quando escono gli ultimi due LD, ancora scrivevano altrettanto. Del resto, la stessa esistenza di Lilith è stata inventata in corso d'opera. E ci sono anche incongruenze più grandi di queste: le "lune" dovevano dapprima essere cavità, non sfere/globi pieni. Viene detto chiaramente nell'Ep.21. Eppure, sappiamo cosa accade in Magokoro. :-)
PS:
Gendo è molto più esplicito sin dall'episodio1 in merito al fatto che solo Shinji può pilotare l'UnitàPrima. "Ma perché io?" -> "Okano ningen ni ha muri dakara na..." – ma per tutta la serie lui non pensa ad altro che a recuperare il vascello che contiene la moglie, cfr. l'ep16 soprattutto, ma anche altri. Essenzialmente, Rei era un per lui una bambola succedanea con le fattezze dell'amata moglie, una cosa molto triste, e Fuyutsuki lo sa. La cosa inventata all'ultimo è tutta la menta di "l'UnitàPrima è un clone non di Adam ma di Lilith" e blablah. Anno si è perso per strada mille volte e non poteva ritrovare una via lineare in nessun caso.